在实验操作过程中，首先需要制备高质量的细胞裂解液，并选择合适的抗体与目标蛋白特异性结合。随后，使用蛋白A/G琼脂糖珠等载体将抗体-蛋白复合物固定下来，经过洗涤去除非特异性吸附物质后，即可对目标蛋白及其结合伴侣进行后续分析，如Western blotting、质谱分析等。值得注意的是，在整个实验设计阶段，合理控制对照组设置对于排除假阳性结果至关重要；同时，优化抗体浓度、孵育时间等因素也有助于提高实验数据的可靠性和重复性。
此外，随着技术进步，基于免疫共沉淀原理衍生出了一系列改进方法，例如染色质免疫共沉淀（ChIP）、RNA免疫共沉淀（RIP）等，它们分别针对DNA-蛋白质相互作用以及RNA-蛋白质相互作用展开深入探究。这些技术的应用极大地丰富了我们对生命科学领域内各种复杂调控机制的理解，并为疾病机理研究及药物开发提供了强有力的支持手段。
